Ein Trinokularmikroskop ist ein optisches Instrument, das sich von anderen Mikroskoptypen durch das Vorhandensein von drei optischen Ausgängen unterscheidet. Zwei dieser Ausgänge sind Standardokulare, die der direkten Betrachtung der Probe mit beiden Augen dienen. Diese als „binokulare Beobachtung“ bekannte Methode ist für den Benutzer bei längeren Arbeiten komfortabler und reduziert die Ermüdung der Augen. Der dritte, separate Ausgang, der als Fototubus oder Trinokular-Port bezeichnet wird, ist für den Anschluss einer Digitalkamera oder Kamera vorgesehen. Im Inneren des Mikroskopkopfes befindet sich ein Prismensystem, das das vom beobachteten Objekt kommende Licht teilt. Der Benutzer kann mittels eines Umschalters das gesamte Licht entweder in die Okulare zur Beobachtung oder in den dritten Ausgang zur Aufnahme leiten. Oft ist es auch möglich, das Licht aufzuteilen, was es erlaubt, das Bild gleichzeitig mit den Augen zu beobachten und gleichzeitig mit der Kamera aufzunehmen. Die Hauptanwendung dieser Anordnung liegt in der Möglichkeit der digitalen Dokumentation, der Bildanalyse am Computer, der Präsentation einer Live-Ansicht für ein größeres Publikum auf einem Monitor oder für Lehrzwecke.